Non sono molto pratico di QGis...
Posso darti due indicazioni ma nel pc che ho davanti c'è QGis Essen quindi potrebbero differire dal tuo o dall'ultima versione del programma.
Ho caricato i dati scaricandoli dal link che hai mandato, poi ho zoomato l'area di interesse che vorrei tagliare (io sono andato a caso...).
La funzione di taglio (e conversione) si trova in Raster->Estrazione->Ritaglia.
Li va indicato il nome ed il formato di file opportuno (Arc/Info ASCII Grid) e va selezionata l'area che vuoi tagliare (e convertire) (puoi farlo direttamente nell'area di lavoro principale con il mouse).
Conferma e dovresti avere un file di testo che, al suo interno, riporta i dati leggibili simili a quelli che seguono:
ncols 388
nrows 353
xllcorner 570831.869400000200
yllcorner 5095276.248099999500
cellsize 5.000000000000
NODATA_value -3.4028230607370965e+038
1782.1572265625 1778.77880859375 1773.24658203125......................................................
Come ti dicevo non conosco molto bene QGis. A grosse linee penso vi sia modo di indicare quale valore associare al 'NODATA' (il valore che indica che quel punto non ha dati validi). Devi anche, a priori, avere l'accortezza impostare il sistema di riferimento su WGS84/UTM (EPSG:32632 per il fuso 32N) o su WGS84 (ma, in questo caso, cSurvey riproietterà i dati con un algoritmo sicuramente meno efficiente di quello di QGis).
Se qualcuno riesce a postare una procedura più precisa cosi resta a beneficio di tutti...
![Occhi al cielo ::)](http://csurvey.it/forum/Smileys/default/rolleyes.gif)